Les lagunes septentrionales d'El Gouna s'ouvrent sur une étendue de 40 kilomètres de récifs frangeants, où la visibilité dépasse 30 mètres lors des matins calmes et où les coraux durs forment des structures inchangées depuis que le golfe d'Aqaba s'est séparé de la plaque africaine il y a quatre millions d'années. La ville balnéaire elle-même a été conçue en 1989 sur des marais salants et des chenaux de marée, mais les récifs précèdent l'occupation humaine de plusieurs époques — les coraux cerveaux y croissent d'environ un centimètre par an, ce qui signifie que les plus grands spécimens visibles depuis la surface sont plus anciens que les pyramides. Les départs quotidiens depuis la marina d'El Gouna permettent d'accéder à trois systèmes récifaux distincts : les jardins peu profonds au large de l'île d'Orange Bay, où les coraux cornes de cerf et coraux tables forment des brise-lames naturels dans des eaux rarement plus profondes que cinq mètres ; les tombants près de l'île de Magawish, où le fond marin plonge de trois à 30 mètres en une longueur de bateau ; et les murs récifaux extérieurs bordant les voies de navigation, où patrouillent des espèces pélagiques — barracudas, napoléons, et occasionnellement des raies manta — au niveau de la thermocline. Les protocoles de conservation instaurés en 2009 imposent une taxe de parc marin de cinq euros par visiteur, dont les revenus sont destinés à l'installation de bouées de mouillage et au suivi des récifs par l'Autorité des zones protégées de la mer Rouge. Cette taxe s'applique à toutes les excursions récifales, quel que soit l'opérateur, elle est collectée lors de l'embarquement et est valable pour une entrée journalière. La plupart des itinéraires de snorkeling à El Gouna partent entre sept et dix heures du matin pour profiter de l'eau calme et de la lumière oblique qui rendent les polypes coralliens et les poissons de récif juvéniles visibles depuis la surface. La vitesse du vent double généralement après midi, réduisant la visibilité et soulevant les sédiments dans les eaux peu profondes. L'endémisme de la mer Rouge est prononcé : les espèces de poissons-perroquets, poissons-anges et poissons-papillons présentes ici n'existent nulle part ailleurs sur Terre, reliques évolutives de l'isolement de la mer lorsque le détroit de Bab-el-Mandeb se fermait périodiquement pendant les glaciations du Pléistocène. Les excursions de snorkeling depuis El Gouna se concentrent sur les zones de corail dur plutôt que sur les herbiers marins, privilégiant la densité des couleurs et les regroupements de poissons plutôt que la variété écologique. Les opérateurs privilégient les trajets en hors-bord pour maximiser le temps passé sur les récifs, bien que les bateaux en bois traditionnels assurent toujours les itinéraires plus longs vers Ras Mohamed et les détroits de Tiran, où les murs balayés par les courants attirent des bancs de carangues et des requins de récif en nombre inégalé plus près du rivage.